I themeluar në vitin 1953, Instituti Albanologjik u transferua në Kampusin Universitar në vitin 1977 dhe ishte institucioni i fundit publik që u mbyll për shqiptarët. Në fillim të vitit 1990, Instituti mbështeti fushatën për pajtimin e gjaqeve, një lëvizje mbarëkombëtare e iniciuar nga studentët dhe ish të burgosurit politik. Anton Çetta dhe Zekeria Cana, të dy studiues të Institutit të cilët njihnin mënyrën e komunikimit në oda, mbështetën procesin e ndërmjetësimit rast për rast. Mbyllja e Institutit në vitin 1994 pasoi me dhunë të papërshkrueshme. Megjithatë, revista akademike vjetore, “Gjurmime Albanologjike” e botuar që nga viti 1971, vazhdoi publikimin përkundër kushteve të vështira pa fonde dhe infrastrukturë. Me ndërmjetësimin e shoqatës katolike Shën Egidio, u arrit një marrëveshje midis përfaqësuesve politikë shqiptarë dhe regjimit të Millosheviqit. Si rezultat, Instituti Albanologjik u kthye në ambientet e tij të punës në vitin 1998.