Sadašnja zgrada Nacionalnog muzeja je prethodno bila Vladina kancelarija Prištine između 1885-1886 u neobaroknom stilu odražavajući talas modernizacije u kasnom periodu Otomanskog carstva. Pravougaona zgrada je bila sagrađena od kamenja, cigli, drveta i mermera i ima simetrično polukružno stepenište napred koje vodi do prvog sprata. Zgrada je ozbiljno oštećena u požaru 1898. godine, ali je zatim naknadno popravljena u vrlo kratkom roku. Nakon uspostavljanja Kraljevine Jugoslavije i kasnije Socijalističke Federativne Republike Jugoslavije, zgrada je služila kao vojni generalštab do 1975. godine. Danas, ona služi kao muzej otvoren za posetioce.